Впервые в РФ и СНГ были заложены основы новой науки – ветеринарной генетики.

Основные научные направления: генетическая устойчивость сельскохозяйственных животных к болезням; эколого-ветеринарно-генетический мониторинг популяций сельскохозяйственных животных, количественная генетика химических элементов и соединений; селекция с.-х. животных.

Сотрудники кафедры выполняли научные исследования совместно с учеными Института  цитологии и генетики СО РАН по проекту Федеральной целевой программы «Интеграция высшего образования и фундаментальной науки» Российской академии наук и Министерства высшего образования РФ «Эколого-ветеринарно-генетический мониторинг сельскохозяйственных животных в экологически неблагополучных районах Западной Сибири», «Изучение генофонда и фенофонда пород сельскохозяйственных животных Сибири».

Сотрудниками кафедры издано более 600 работ, в т.ч. около 10 монографий, получено более 30 патентов. Среди монографий: «Научно-практические основы борьбы с лейкозом крупного рогатого скота» ( Незавитин А.Г., 1992), «Проблемы лейкоза животных» (Смирнов П.Н.,  Незавитин А.Г.и др., 1992),  «Ветеринарная генетика и селекция сельскохорзяйственных животных» ( Петухов В.Л.,  Незавитин А.Г., 1994), «Проблемы адаптации сельскохозяйственных животных» ( Смирнов П.Н.,  Петухов В.Л.,  Незавитин А.Г. и др., 1995).

Результаты  исследований  опубликованы в трудах международных конференций и симпозиумов, посвященных вопросам цитогенетики, иммунологии, экологии, селекции сельскохозяйственных животных (США, Италия, Франция, Германия, Чехия, Норвегия, Австрия, Канада, Австралия, Швейцария) и т. д.

Молодые ученые кафедры получали гранты для участия в международных конференциях, проходивших в  Канаде (Куликова С.Г., 1994, 1995), Норвегии (Маренков В.Г., 1996), Австрии (Кочнев Н.Н., 1997), Бельгии (Короткевич О.С., 1998), Польше (Николаева Т., 1999). В 1997 г. в Гумбольдтском университете (г. Берлин)  прошли научные стажировки профессор В.Л. Петухов, доценты С.Г. Куликова и В.В. Гарт. В 1997 г. профессор В.Л. Петухов  прошел научную стажировку в Научном институте сельскохозяйственной инженерии (г. Прага). В 2000 г. доцент М.Л. Кочнева М.Л. получила грант Немецкой службы академического обмена (DAAD) на обучение в Международном женском университете (IFU) по направлению «Экология». В 2001 г. в Израильском университете прошла научную стажировку профессор О.С. Короткевич.

Профессор В.Л. Петухов и доцент Н.Н. Кочнев стали лауреатами «Государственной научной стипендии РАН для выдающихся ученых» (1997-2000), которая присуждается Академией наук на конкурсной основе. Н.Н. Кочнев  лауреат стипендии  администрации Новосибирской области (2002).

Сотрудниками кафедры запатентованы методы повышения генетической резистентности крупного рогатого скота к наиболее опасным заболеваниям: лейкозу, туберкулезу, бруцеллезу и кетозу; новый метод разведения по линиям, обеспечивающий сохранение высокого генетического сходства с родоначальником в течение многих поколений. Предложены и разрабатываются новые гипотезы  и теории возникновения злокачественных новообразований, гетерозиса, наследования количественных признаков, генетики иммунного ответа, волновой селекции на устойчивость к болезням, эволюционного значения мономорфизма и др.

Открыты новые мутации: у крупного рогатого скота - трисомия по 19 –й хромосоме ( Куликова С.Г., 1991), у свиней (СМ-1) - робертсоновская транслокация (rob 16, 17) ( Кочнева М.Л., 1997). Предложен новый способ мечения скота, внедренный во многих  хозяйствах Западной Сибири.

Сотрудники кафедры проводили комплексный эколого-ветеринарно-генетический мониторинг популяций сельскохозяйственных животных на территориях, подвергшихся радиоактивному загрязнению при испытании на Семипалатинском ядерном полигоне и радиационных аварий на Чернобыльской АЭС (Республика Беларусь), ПО «Маяк» (Кыштымская), Томского химического комбината, Чебулинского подземного ядерного взрыва, а также в районах химического загрязнения.

Установлено влияние радиации и химических мутагенов на хромосомную нестабильность крупного рогатого скота и свиней, на силу иммунного ответа к некоторым антигенам, генетическую структуру популяций, биохимический, гематологический, гормональный статус и химический состав некоторых тканей.

Впервые изучена стрессустойчивость пород свиней Западной Сибири (кемеровская, скороспелая мясная, сибирская северная, крупная белая и др.). Выявлены различная экспрессивность и пенетрантность аллелей Hal локуса и взаимодействие генотип х среда по этому локусу.

Показана гомология в постоянстве фенотипической и генетической изменчивости концентрации химических элементов в тканях разных видов млекопитающих как следствие общего происхождения, однонаправленного вектора отбора и неизменности их функции в ходе эволюции.

По грантам Федеральной целевой программы «Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки « («Интеграция») сотрудниками НИИВГиС (головная организация) выполнялись исследования по темам «Эколого-ветеринарно-генетический мониторинг популяций сельскохозяйственных животных в экологически загрязненных районах Западной Сибири» и «Изучение генофонда и фенофонда пород сельскохозяйственных животных Урала, Сибири и Дальнего Востока» (якутский скот, якутские лошади, кулундинские овцы, популяции яков Сибири, тувинский аборигенный скот и лошади и другие исчезающие породы и группы животных).

Сотрудники кафедры были соисполнителями программы по созданию сибирского типа черно-пестрого скота с использованием генофонда  голштинской  породы  (руководители  Петухов В.Л.,  Желтиков А.И.) на базе племзаводов: «Первомайский» ( Макеева Т.В.), «Неудачино» ( Желтиков А.И.), «Тулинское» ( Уфимцева Н.С.), «Юргинский» ( Устинова В.И.), «Октябрьский» (Химич Н.Г.), «Пашинское» ( Маренков В.Г.). Всего коллективом кафедры  разработано и внедрено около 30 планов племенной работы со стадами крупного рогатого скота, овец, свиней.

Сотрудники кафедры были инициаторами в организации научных связей и сотрудничества НГАУ с зарубежными университетами.  Эта работа проводится через участие в международных научных конференциях и публикации научных статей в Калифорнийском, Техасском, Мичиганском университетах (США), Гвелфском университете (Канада), Саутгемптонском университете (Англия), Тулузском университете (Франция), Чешском сельскохозяйственном университете (Чехия), Бернском университете (Швейцария), а также через научно-педагогические стажировки в Гумбольдтском университете (Германия).